AnduinOS maakt gebruik van een heldere, driedelige aanpak voor pakketbeheer. Het basissysteem leunt op Ubuntu-pakketten voor een stabiele kern, terwijl componenten die specifiek zijn voor AnduinOS worden beheerd via Apkg — ons eigen lichtgewicht pakketgereedschap.
Voor applicaties die direct door de gebruiker worden benaderd, hebben we Snap vervangen door Flatpak voor sandboxed, cross-distro applicatielevering. Hierdoor blijven uw applicaties geïsoleerd van het systeem, wordt schijfruimte bespaard en krijgt u toegang tot een enorm catalogus. Natuurlijk blijven AppImage en de traditionele APT altijd beschikbaar wanneer u ze nodig hebt.