AnduinOS는 패키지 관리를 위해 깔끔한 세 계층 구조를 사용합니다. 기본 시스템은 안정적인 핵심 기능을 위해 Ubuntu 패키지를 기반으로 하며, AnduinOS에 특화된 구성 요소는 자체 경량 패키지 도구인 Apkg를 통해 관리됩니다.
사용자용 애플리케이션의 경우, 샌드박스 방식 및 배포판 간 호환 앱 제공을 위해 Snap 대신 Flatpak을 사용합니다. 이를 통해 애플리케이션을 시스템과 격리하고 디스크 공간을 절약하며 방대한 애플리케이션 카탈로그에 접근할 수 있습니다. 물론, 필요시 언제든지 AppImage와 전통적인 APT를 사용할 수 있습니다.
