AnduinOS utilizza un approccio pulito a tre livelli per la gestione dei pacchetti. Il sistema di base si affida ai pacchetti Ubuntu per un nucleo stabile, mentre i componenti specifici di AnduinOS sono gestiti tramite Apkg — il nostro strumento leggero per la gestione dei pacchetti.
Per le applicazioni destinate all'utente, abbiamo sostituito Snap con Flatpak per la distribuzione di app sandboxate e cross-distro. Questo mantiene le tue applicazioni isolate dal sistema, salva spazio su disco e ti dà accesso a un catalogo massiccio. Naturalmente, AppImage e il tradizionale APT sono sempre disponibili quando ne hai bisogno.