AnduinOS käyttää pakinhallinnassa selkeää kolmikerroksista lähestymistapaa. Perusjärjestelmä perustuu vakaaseen ytimeen Ubuntu:n pakettien varassa, kun taas AnduinOS-komponentit hallinnoidaan omalla Apkg-kevyen paketointityökalun avulla.
Käyttäjäohjelmissa Snap on korvattu Flatpakilla, joka tarjoaa hiekkalaatikkomaisesti toimivan ja jakelutuotteita ylittävän ohjelmatoimituksen. Tämä eristää sovellukset järjestelmästä, säästää tilaa levyllä ja antaa pääsyn valtavaan ohjelmakirjastoon. AppImage ja perinteinen APT ovat tietysti aina saatavilla, kun niitä tarvitaan.
