Το AnduinOS χρησιμοποιεί μια καθαρή προσέγγιση τριών επιπέδων για τη διαχείριση πακέτων. Το βασικό σύστημα βασίζεται σε πακέτα Ubuntu για έναν σταθερό πυρήνα, ενώ τα εξειδικευμένα στοιχεία του AnduinOS διαχειρίζονται μέσω του Apkg — του δικού μας ελαφριού εργαλείου διαχείρισης πακέτων.
Για εφαρμογές που απευθύνονται στον τελικό χρήστη, αντικαταστήσαμε το Snap με το Flatpak για την παροχή εφαρμογών σε περιβάλλον ασφαλείας (sandbox) ανεξάρτητα από την εκδοχή Linux. Αυτό διατηρεί τις εφαρμογές σας απομονωμένες από το σύστημα, εξοικονομεί χώρο στον δίσκο και σας παρέχει πρόσβαση σε μια τεράστια βιβλιοθήκη εφαρμογών. Φυσικά, το AppImage και η παραδοσιακή μέθοδος APT είναι πάντα διαθέσιμες όταν τις χρειάζεστε.
